Bueno, pues hoy nos hemos estado comiendo la cabeza porque una página mostraba un margen arriba del todo, cuando en la hoja de estilos estaban especificados los márgenes a cero.
Hemos quitado scripts, revisado todo el html, etc... y al final era una auténtica tontería.. se había colado un <br> en un lugar indebido en la tabla contenedora </td></tr>
<br/></table>, en vez de <br></td></tr></table>.
Por si os ocurre algo similar, quizás el error sea por un <br> mal puesto.
