Más o menos sería una cosa así. Esto es un ejemplo, si tienes problemas para ajustarlo a lo que tú tienes hecho pega tu código aquí y yo lo modifico para que te funcione.
<html>
<head>
<script language="JavaScript">
var numeroFotos=4;//numero de fotos que se van a mostrar cada vez.
var imagenes=new Array();//array que contiene todas las direcciones
imagenes[0]="fotos/1.jpg";
imagenes[1]="fotos/2.jpg";
imagenes[2]="fotos/3.jpg";
imagenes[3]="fotos/4.jpg";
imagenes[4]="fotos/5.jpg";
imagenes[5]="fotos/6.jpg";
imagenes[6]="fotos/7.jpg";
imagenes[7]="fotos/8.jpg";
imagenes[8]="fotos/9.jpg";
imagenes[9]="fotos/10.jpg";
imagenes[10]="fotos/11.jpg";
imagenes[11]="fotos/12.jpg";
imagenes[12]="fotos/13.jpg";
imagenes[13]="fotos/14.jpg";
imagenes[14]="fotos/15.jpg";
imagenes[15]="fotos/16.jpg";
function secuencia(puntero){
setTimeout("cambiarFotos("+puntero+")",1000); //son milisegundos, esto equivale a un segundo
}
function cambiarFotos(puntero){
for (i=0;i<numeroFotos;i++){
document.getElementById("imagen"+i).src=imagenes[puntero];
puntero++;
}
if(puntero==imagenes.length){
puntero=0;
}
secuencia(puntero);
}
</script>
</head>
<body onLoad="secuencia(0)">
<img id="imagen0" src="fotos/pix.gif">
<img id="imagen1" src="fotos/pix.gif">
<img id="imagen2" src="fotos/pix.gif">
<img id="imagen3" src="fotos/pix.gif">
</body>
</html>
Ten en cuenta que el array tiene que ser global, es decir, tiene que estar entre los tags <script></script> pero fuera de cualquier función. Las imagenes tienen inicialmente un pix transparente.
