Doy por hecho que hemos instalado previamente Bind (con Yum, apt-get, etc se instala sin ningún problema). No puedo explicarlo con tecnicismos ya que no soy para nada experto en el tema, pero este ejemplo os aseguro que funciona:

1) nos vamos al fichero /etc/named.conf y al final del mismo metemos esto:

zone "midominio.com" {
         type master;
         file "/var/named/midominio.com.hosts";
 };

2) ahora creamos el fichero "/var/named/midominio.com.hosts" y metemos estos datos (cambiarán dependiendo de nuestros intereses):

; DNS Servers
@       IN NS           ns1.midominio.com.
@       IN NS           ns2.midominio.com.

; Machine Names
ns1             IN A    213.148.245.102 (ip de nuestro servidor dedicado)
ns2             IN A    213.148.245.102 (ip de nuestro servidor dedicado)
@                IN A    213.148.245.102 (ip de nuestro servidor dedicado)
mail            IN A    213.148.245.102 (ip de nuestro servidor dedicado)

; Aliases
www                     IN CNAME        @
subdominio1         IN CNAME        @
subdominio2         IN CNAME        @

; MX Record
@               IN MX   10      mail.midominio.com.

En este caso tenemos dos subdominios de ejemplo y hemos creado dos direcciones DNS (dns1 y dns2) porque muchos registradores de dominio te obligan  a meter dos (aunque es absurdo ya que apuntan a la misma IP). Después de guardar el fichero reiniciamos Bind y ya está todo.

Nota: Os recuerdo que teneis que abrir los puertos TCP y UDP 53 en el firewall .

No sé como se podrá hacer en otros registradores de dominio pero en goddady tendríamos que ir a la opción "Domain Host Summary" y ahí añadiríamos nuestras dos direcciones DNS para que apunten a nuestra ip:

ns1.midominio.com -----> 213.148.245.102
ns2.midominio.com -----> 213.148.245.102

y después ya nos iríamos a "Set nameserves" y ahí ya asociaríamos nuestro dominio a ns1.midominio.com y ns2.midominio.com